การดำเนินงานของศูนย์เทคโนโลยีดิจิทัล มีชื่อเดิมว่า ศูนย์คอมพิวเตอร์ เริ่มต้นครั้งแรกในปี 2538 ที่หน่วยประสานงานมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ อาคารแหลมทอง กรุงเทพมหานคร จากนั้นจึงย้ายศูนย์ประสานงานมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ มายังอาคารเอส เอ็ม ทาวเวอร์ กรุงเทพมหานคร โดยอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของ รองศาสตราจารย์ ดร.ชัยวิทย์ ศิลาวัชนาไนย หลังจากนั้นมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ได้ย้ายสำนักงานจากหน่วยประสานงานมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ กรุงเทพฯ มายังอำเภอท่าศาลา จังหวัดนครศรีธรรมราช ศูนย์เทคโนโลยีดิจิทัลจึงย้ายมาดำเนินงานชั่วคราวที่อาคารสถาบันวิจัย (D4) และต่อมาเมื่อการก่อสร้างอาคารสำนักงานแล้วเสร็จ ศูนย์เทคโนโลยีดิจิทัลจึงย้ายสำนักงานมาดำเนินงานที่อาคารคอมพิวเตอร์เป็นการถาวร จนถึงปัจจุบัน และ มหาวิทยาลัยได้มีคำสั่งแต่งตั้งผู้รักษาการแทนผู้อำนวยการศูนย์เทคโนโลยีดิจิทัลคนแรก คือ รองศาสตราจารย์ ดร.พูลพงษ์ บุญพราหมณ์ เมื่อวันที่ 1 ธันวาคม 2540